Kelurahan Kotabaru merupakan kawasan yang sebagian berstatus sebagai situs cagar budaya dengan banyak bangunan bersejarah di dalamnya. Berdasarkan Keputusan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 63/KEP/2023 tentang Penetapan Lokasi Kota Baru Timur sebagai Situs Cagar Budaya Peringkat Provinsi, wilayah yang ditetapkan sebagai situs cagar budaya adalah Kotabaru bagian timur dengan batas utara Jalan Jenderal Sudirman, batas timur Jalan dr. Wahidin Sudirohusodo, batas selatan Jalan Lempuyangan serta Jalan Suroto–Jalan Sudarso, dan batas barat Emplasemen Lempuyangan.

Kotabaru memiliki keterkaitan erat dengan sejarah masa penjajahan Belanda. Kawasan ini dibangun dengan konsep garden city, yang menekankan pada taman dan lahan terbuka, penempatan rumah lebih mundur dari jalan, serta pemisahan hunian dengan fasilitas publik. Nuansa Eropa dan arsitektur Indis masih terasa kuat melalui bangunan-bangunan peninggalan kolonial yang kini ditetapkan sebagai bangunan cagar budaya. Saat ini terdapat sekitar 46 bangunan cagar budaya di Kotabaru, termasuk 13 bangunan yang berada dalam situs cagar budaya (Dikbud Yogyakarta). 

Selain nilai arsitektur kolonialnya, Kotabaru juga memiliki sejarah yang penting bagi Yogyakarta dan Indonesia. Kawasan ini dinamakan Kotabaru karena pada masa penjajahan Belanda dibangun sebagai kota baru dengan konsep garden city dan difungsikan sebagai kawasan elit bagi orang-orang Eropa. Setelah masa kolonial, Kotabaru menjadi saksi berbagai peristiwa bersejarah, seperti Serbuan Kotabaru pada 7 Oktober 1945, ketika rakyat menyerbu tentara Jepang. Pada tahun 1946, kawasan ini bahkan sempat digunakan sebagai ibukota sementara Republik Indonesia. Untuk mengenang para pahlawan yang gugur dalam peristiwa 7 Oktober 1945, kemudian didirikan Masjid Syuhada sebagai monumen perjuangan.